「ロストジャッジメント」のサブストーリーは、今までの「龍が如く」とはちょっと異なる。主に高校を舞台とした一連のエピソードが、「ユースストーリー」と名付けられている。
調査で高校に来た八神は、やたら鋭い女子高生、天沢に絡まれる。そして成り行き上、天沢が部長をつとめるミス研(ミステリー研究会)の顧問代わりにさせられてしまう。ミス研は、学内の様々なトラブルに首をつっこんでおり、八神はその調査と言う名目で、色々な団体に潜入することになる。
ダンス部やロボット部といった部活は序の口で、ストリートでたむろするスケボーチームや、元ヤクザが通うボクシングジム、しまいには暴走族に入るなど、何でもありである。それぞれにかなり本格的なゲームが用意されている上に、ストーリーもドラマチックに展開し、値段が高くなるのも納得の大ボリュームだ。
各団体のエピソードは全く無関係というわけではなく、クリアしていくにつれて、ミス研が追う事件の謎が徐々に解かれていくという仕組みになっている。一連の「ユースストーリー」は、本編とは別の大きな事件となっており、確かにこれはサブストーリーとは呼びにくい。
本編は、真相がわかるにつれて重苦しい展開となっており、キムタクが高校生を相手に年甲斐もなく本気を出している「ユースストーリー」の方が楽しく感じられ、困ったものである。