従来、「龍が如く」シリーズは、サブストーリーこそ多いものの、本筋は一本道で迷うことがなかった。ところが、今作は本筋がつかみにくく、どこから手を付けたら良いか、非常に迷う作りになっている。
真島たちはゴロー海賊団を結成、海賊たちが集うマッドランティスを訪れる。そこでは、海賊船を戦わせる競技、パイレーツコロシアムが開かれていた。因縁のある海賊、モーティマーと雌雄を決するには、この競技で上位を目指す必要がある。どうやらこれがメインのゲームらしい。勝つためには、真島を強くするだけでなく、船員を集めて育て、船の装備も強化しなければならない。
ところが、続く旅の中で、デビルフラッグスとの戦いが発生する。富豪の道楽であるパイレーツコロシアムとは違い、ハワイ近海を荒らしている本物の極悪海賊だ。配下の船団も強く、ゴロー丸があっという間に沈められてしまった。以降、マップ画面で強さを確かめて、慎重に戦う相手を選ぶようになった。
船が沈むなど生死に関わるかと思いきや、船員の機嫌がちょっと悪くなるだけ、というペナルティの軽さに笑ってしまう。
そして、海賊と言えば宝探し。二章を終えると伝説の宝をめぐる物語が始まった。次々に新しい目標が追加されるので、どこから手を付けていいのか困ってしまう。とりあえず海をまわって船員を鍛え、パイレーツコロシアムの上位戦に備えることにしようか。
